华南地区
福建 (12)
1.厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区
2.将乐龙栖山国家级自然保护区
3.天宝岩国家级自然保护区
4.深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区
5.漳江口红树林国家级自然保护区
6.虎伯寮国家级自然保护区
7.武夷山国家级自然保护区
8.梁野山国家级自然保护区
9.梅花山国家级自然保护区
10.戴云山国家级自然保护区
11.闽江源国家级自然保护区
12.君子峰国家级自然保护区(2008年1月14日)
广东 (11)
1.南岭国家级自然保护区
2.车八岭国家级自然保护区
3.丹霞山国家级自然保护区
4.内伶仃岛－福田国家级自然保护区
5.珠江口中华白海豚国家级自然保护区
6.湛江红树林国家级自然保护区
7.鼎湖山国家级自然保护区
8.像头山国家级自然保护区
9.惠东港口海龟国家级自然保护区
10.徐闻珊瑚礁国家级自然保护区
11.雷州珍稀海洋生物国家级自然保护区(2008年1月14日)
广西 (16)
1.大明山国家级自然保护区
2.花坪国家级自然保护区
3.猫儿山国家级自然保护区
4.山口红树林生态国家级自然保护区
5.合浦营盘港-英罗港儒艮国家级自然保护区
6.北仑河口国家级自然保护区
7.防城金花茶国家级自然保护区
8.十万大山国家级自然保护区
9.弄岗国家级自然保护区
10.大瑶山国家级自然保护区
11.木论国家级自然保护区
12.千家洞国家级自然保护区
13.岑王老山国家级自然保护区
14.九万山国家级自然保护区
15.金钟山黑颈长尾雉国家级自然保护区(2008年1月14日)
16.雅长兰科植物国家级自然保护区(2009年9月18日)
海南 (9)
1.三亚珊瑚礁国家级自然保护区
2.东寨港国家级自然保护区
3.铜鼓岭国家级自然保护区
4.大洲岛海洋生态国家级自然保护区
5.大田国家级自然保护区
6.尖峰岭国家级自然保护区
7.五指山国家级自然保护区
8.坝王岭国家级自然保护区
9.吊罗山国家级自然保护区(2008年1月14日)
