宁夏 (6)
1.贺兰山国家级自然保护区
2.沙坡头国家级自然保护区
3.罗山国家级自然保护区
4.灵武白芨滩国家级自然保护区
5.六盘山国家级自然保护区
6.哈巴湖国家级自然保护区
内蒙古 (23)
1.赛罕乌拉国家级自然保护区
2.达里诺尔国家级自然保护区
3.白音熬包国家级自然保护区
4.黑里河国家级自然保护区
5.大黑山国家级自然保护区
6.大兴安岭汗马国家级自然保护区
7.红花尔基樟子松林国家级自然保护区
8.辉河国家级自然保护区
9.达赉湖国家级自然保护区
10.科尔沁国家级自然保护区
11.图牧吉国家级自然保护区
12.大青沟国家级自然保护区
13.锡林郭勒草原国家级自然保护区
14.鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区
15.西鄂尔多斯国家级自然保护区（1997年晋升）
16.乌拉特梭梭林－蒙古野驴国家级自然保护区
17.贺兰山国家级自然保护区
18.额济纳胡杨林国家级自然保护区
19.阿鲁科尔沁草原国家级自然保护区
20.哈腾套海国家级自然保护区
21.额尔古纳国家级自然保护区
22.鄂托克恐龙遗迹化石国家级自然保护区
23.大青山国家级自然保护区(2008年1月14日)
新疆 (9)
1.阿尔金山国家级自然保护区
2.罗布泊野骆驼国家级自然保护区
3.巴音布鲁克国家级自然保护区
4.托木尔峰国家级自然保护区
5.西天山国家级自然保护区
6.甘家湖梭梭林国家级自然保护区
7.哈纳斯国家级自然保护区
8.塔里木胡杨国家级自然保护区
9.艾比湖湿地国家级自然保护区
注：标“*”者，为跨省(区、市)国家级自然保护区。
