1、赤湾站（原蛇口西站）：位于平南铁路蛇口西站疏港路西侧，赤湾山和小南山之间的赤湾村片区，赤湾六路和港航路北侧的仓储地块内，设置在垂直于港航路北侧的规划路下，基本呈南北向布置。本站为2号线的起点站，与规划5号线（环中线）西延线换乘，为地下两层11米岛式站台车站，总建筑面积为14900平方米。

2、蛇口港站（原蛇口客运港站）：位于南山蛇口客运港的北边，港湾大道的南侧，南侧是码头露天货栈和蛇口港公交广场。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为10550平方米。

3、海上世界站：位于兴华路与太子路交叉路口北，沿太子路设置大致呈南北走向，东侧是金融中心，西侧是太子广场。本站与规划10号线车站平行通道换乘，为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为11000平方米。

4、水湾站（原南水路站）：位于太子路与水湾路交叉路口的西侧，沿太子路正下方平行设置，北侧是水湾村，南侧为水湾市场等。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为10000平方米。

5、东角头站（原东港路站）：位于蛇口新街与湾厦路十字交叉路口，蛇口新街路下跨十字路口设置，呈东西走向布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为10400平方米。

6、湾厦站（原招商东路站）：位于后海滨路和招商东路交接处后海滨路的下方，呈南北走向布置。车站为地下两层双岛式站台车站，每个岛式站台宽度8.5 米，总建筑面积为22800平方米。

7、海月站（原工业八路站）：位于后海滨路与工业八路交叉路口的后海滨路下，沿后海滨路南北向布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为10500平方米。

8、登良站（原登良路站）：位于后海滨路与登良路交接的后海滨路下方，呈南北走向布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为11100平方米。

9、后海站（原南山商业中心站）：位于后海滨路与南山后海中心区的二层商业步道交叉路口下，沿后海滨路呈南北走向布置。车站为地下两层11 米岛式站台车站，总建筑面积为14800平方米。

10、科苑站（原科技园站）：位于高新南十道街，科苑南路东侧，沿高新南十道呈东西走向布置，与规划15号线换乘。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为21900平方米。

11、红树湾站（原沙河东站）：位于深湾一路与白石三道十字交叉路口以东，白石三道路下，呈东西走向布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为11800平方米。

12、世界之窗站：位于深南大道与1号线（罗宝线）世界之窗站交叉处，横穿深南大道，大致呈南北走向布置，与1号线换乘。车站为地下三层侧式站台车站，总建筑面积为9700平方米。

13、侨城北站：位于侨香路路中，中航沙河工业区南侧。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积为10300平方米。